Nauka To Lubię

Oficjalna strona Tomasza Rożka

Kategoria: Życie

Podlaskie/ Nowe żubry już na wolności w Puszczy Augustowskiej

Cztery kolejne żubry, które trafiły niedawno do Puszczy Augustowskiej w woj. podlaskim, zostały wypuszczone na wolność. W sumie w puszczy żyje już 13 osobników tego gatunku.

Cztery kolejne żubry, które trafiły niedawno do Puszczy Augustowskiej w woj. podlaskim, zostały wypuszczone na wolność. W sumie w puszczy żyje już 13 osobników tego gatunku.

Brak komentarzy do Podlaskie/ Nowe żubry już na wolności w Puszczy Augustowskiej

Co na szopie siedziało

Miało być „zwykłe” badanie genetyczne populacji szopów w Polsce, a wyszedł… nowy pomysł na tzw. analizy środowiskowe, przydatne w badaniach bioróżnorodności czy do śledzenia inwazji gatunków.

Miało być „zwykłe” badanie genetyczne populacji szopów w Polsce, a wyszedł… nowy pomysł na tzw. analizy środowiskowe, przydatne w badaniach bioróżnorodności czy do śledzenia inwazji gatunków.

Brak komentarzy do Co na szopie siedziało

Egipt/ Nowatorska metoda ujawnia nieznane informacje na temat świątyni w Karnaku

Jedna ze starożytnych kaplic w świątyni w Karnaku była w dużej mierze zdobiona błękitną polichromią – ustalił zespół dr Aleksandry Hallmann. Do naszych czasów zachowały się jej śladowe ilości; ich…

Jedna ze starożytnych kaplic w świątyni w Karnaku była w dużej mierze zdobiona błękitną polichromią – ustalił zespół dr Aleksandry Hallmann. Do naszych czasów zachowały się jej śladowe ilości; ich wykrycie było możliwe dzięki zastosowaniu specjalistycznych analiz.

Brak komentarzy do Egipt/ Nowatorska metoda ujawnia nieznane informacje na temat świątyni w Karnaku

Hydrolog: musimy się liczyć z jedną z najgorszych susz w historii Polski

Jeśli nie pojawią się regularne opady deszczu to latem czeka nas jedna z największych susz w historii Polski – alarmuje hydrolog, wiceprezes PAN prof. Paweł Rowiński. Do takiej sytuacji przyczyniły…

Jeśli nie pojawią się regularne opady deszczu to latem czeka nas jedna z największych susz w historii Polski – alarmuje hydrolog, wiceprezes PAN prof. Paweł Rowiński. Do takiej sytuacji przyczyniły się niskie opady spowodowane zmianami klimatu i nieodpowiednie zarządzanie dostępnymi, ograniczonymi zasobami wody.

Brak komentarzy do Hydrolog: musimy się liczyć z jedną z najgorszych susz w historii Polski

Wiedza o pochodzeniu wijów się rozwija

Wiedzę o pochodzeniu wijów – grupy stawonogów lądowych Myriapoda – rozwijają badania, których wyniki ukazały się w PNAS. W pracach brał udział dr Tomasz Góral z Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu…

Wiedzę o pochodzeniu wijów – grupy stawonogów lądowych Myriapoda – rozwijają badania, których wyniki ukazały się w PNAS. W pracach brał udział dr Tomasz Góral z Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego.

Brak komentarzy do Wiedza o pochodzeniu wijów się rozwija

Badanie: miliardy lat świetlnych stąd – prawa fizyki nieco inne

Astrofizycy przeanalizowali sygnał z kwazara sprzed 13 mld lat. Potwierdzili, że niektóre prawa fizyki różnią się tam nieco od naszych. A w dodatku wielkość zmian tych praw fizyki we Wszechświecie…

Astrofizycy przeanalizowali sygnał z kwazara sprzed 13 mld lat. Potwierdzili, że niektóre prawa fizyki różnią się tam nieco od naszych. A w dodatku wielkość zmian tych praw fizyki we Wszechświecie nie jest równomierna.

Brak komentarzy do Badanie: miliardy lat świetlnych stąd – prawa fizyki nieco inne

Informacja o stanie po pożarze w Biebrzańskim Parku Narodowym

Obszar objęty pożarem to 5.526 ha w tym 4.580 w granicach BbPN i 946 ha otuliny (enklawa Lasu Wroceńskiego). W tej powierzchni było 3.305 ha gruntów Skarbu Państwa i 2.221 ha gruntów prywatnych. W…

Obszar objęty pożarem to 5.526 ha w tym 4.580 w granicach BbPN i 946 ha otuliny (enklawa Lasu Wroceńskiego). W tej powierzchni było 3.305 ha gruntów Skarbu Państwa i 2.221 ha gruntów prywatnych. W akcji brało udział 6 samolotów, 2 śmigłowce gaszące (z Bielska Białej i Torunia), 3 śmigłowce nadzorujące i wykrywające ogniska z Policji I Straży Granicznej. Codziennie przez 6 dni (od poniedziałku 20.04 do soboty 25.04) brało udział od 160 do 350 strażaków z PSP i OSP z kilku województw, 50-60 żołnierzy Wojsk Obrony Terytorialnej, jednostka wojskowa do organizacji przeprawy przez Biebrzą, drony policji i wojska, Lasów Państwowych, ogromna pomoc społeczeństwa w przywożeniu Żywności, udostępnianiu sprzętu ciągników, beczkowozów, ratraków itd.

Brak komentarzy do Informacja o stanie po pożarze w Biebrzańskim Parku Narodowym

Czy Polska będzie pustynią?

Susza, w dłuższej perspektywie, może być dla nas większym wyzwaniem niż koronawirus. Czy stepowienie Polski jest trwałym trendem czy tylko chwilową wariacją? Czy mamy na to jakiś wpływ, a jak…

Susza, w dłuższej perspektywie, może być dla nas większym wyzwaniem niż koronawirus. Czy stepowienie Polski jest trwałym trendem czy tylko chwilową wariacją? Czy mamy na to jakiś wpływ, a jak tak, co powinniśmy robić, żeby odwrócić niekorzystne trendy? W najbliższy czwartek, o godzinie 20, na kanałach YT i FB Nauka To Lubię LiveStream z dr Aleksandrą Kardaś z serwisu Nauka o Klimacie, autorką „Książki o wodzie”, oraz specjalistką fizyki atmosfery

Brak komentarzy do Czy Polska będzie pustynią?

Badanie: po ustąpieniu objawów choroby koronawirus może pozostawać w organizmie kilka dni

Z nowego badania wynika, że u połowy pacjentów leczonych z powodu łagodnego zakażenia COVID-19 koronawirus nadal był obecny – do ośmiu dni po ustąpieniu objawów – informuje internetowa wersja pisma…

Z nowego badania wynika, że u połowy pacjentów leczonych z powodu łagodnego zakażenia COVID-19 koronawirus nadal był obecny – do ośmiu dni po ustąpieniu objawów – informuje internetowa wersja pisma “American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine”.

Brak komentarzy do Badanie: po ustąpieniu objawów choroby koronawirus może pozostawać w organizmie kilka dni

Polscy chemicy pokazali, jak tanio zsyntetyzować lek stosowany w COVID-19

Prof. Bartosz Grzybowski z zespołem pokazał światu, jak z tanich związków, unikając istniejących patentów, wyprodukować lek HCQ stosowany w leczeniu COVID-19. Użył w tym swojego programu Chematica, który jest w…

Prof. Bartosz Grzybowski z zespołem pokazał światu, jak z tanich związków, unikając istniejących patentów, wyprodukować lek HCQ stosowany w leczeniu COVID-19. Użył w tym swojego programu Chematica, który jest w stanie wskazać wygodną drogę syntezy dowolnego związku chemicznego.

Brak komentarzy do Polscy chemicy pokazali, jak tanio zsyntetyzować lek stosowany w COVID-19

Historycy: epidemia koronawirusa z roku 2020 nie jest zjawiskiem wyjątkowym

Epidemia koronawirusa z roku 2020 nie jest dla historyka zjawiskiem wyjątkowym, ale zaledwie epizodem w długich dziejach zmagań człowieka z niewidzialnymi gołym okiem patogenami – twierdzą naukowcy z Uniwersytetu Łódzkiego.

Epidemia koronawirusa z roku 2020 nie jest dla historyka zjawiskiem wyjątkowym, ale zaledwie epizodem w długich dziejach zmagań człowieka z niewidzialnymi gołym okiem patogenami – twierdzą naukowcy z Uniwersytetu Łódzkiego.

1 komentarz do Historycy: epidemia koronawirusa z roku 2020 nie jest zjawiskiem wyjątkowym

Test potwierdzi odporność na koronawirusa

Nad testem, który pokaże, czy dana osoba jest odporna na SARS-CoV-2 i może powrócić do normalnego życia, pracują naukowcy z UAM w Poznaniu. Szybki test jest potrzebny kadrze medycznej oraz…

Nad testem, który pokaże, czy dana osoba jest odporna na SARS-CoV-2 i może powrócić do normalnego życia, pracują naukowcy z UAM w Poznaniu. Szybki test jest potrzebny kadrze medycznej oraz osobom, które przeszły chorobę bezobjawowo lub też nie zostały odpowiednio zdiagnozowane.

1 komentarz do Test potwierdzi odporność na koronawirusa

RNA w 3D

Już 1 mln razy badacze i osoby z całego świata wykorzystały RNAComposer – publicznie dostępny, skuteczny poznański system do modelowania struktury 3D RNA. A to nie jedyny polski sukces w badaniach nad wyznaczaniem struktury RNA.

Już 1 mln razy badacze i osoby z całego świata wykorzystały RNAComposer – publicznie dostępny, skuteczny poznański system do modelowania struktury 3D RNA. A to nie jedyny polski sukces w badaniach nad wyznaczaniem struktury RNA.

RNA to cząsteczki kwasu rybonukleinowego. Bez nich komórka nie mogłaby produkować białek – cząsteczek, które są istotne dla budowy i funkcjonowania komórek. Rodzajów RNA jest sporo i pełnią one w komórce różne funkcje.

I tak np. matrycowe RNA są pośrednikami, dzięki którym z DNA daje się wyciągnąć informacje – przepis na białka. Z rybosomowych RNA zbudowane są rybosomy – komórkowe centra produkcji białek. A transferowe RNA mają przynosić do tych centrów odpowiednie aminokwasy – jednostki budulcowe białek.

Model struktury 3D RNA wirusa Zika wygenerowany przez RNAComposer na podstawie sekwencji. Obecnie struktura ta jest już określona eksperymentalnie i jest zdeponowana w bazie struktur PDB. Źródło: Marta Szachniuk

 

Cząsteczkę RNA tworzy zwykle nić składająca się z połączonych ze sobą reszt nukleotydowych (w skrócie: A, C, G, U). Nawet jeśli rozszyfruje się ich kolejność w łańcuchu RNA, czyli określi sekwencję, nie jest pewne, jak cała cząsteczka układa się w przestrzeni. Bo cząsteczki RNA – w przeciwieństwie do kabla od słuchawek wrzuconych do plecaka – nie zwijają się w przypadkowe supły. Istnieją pewne reguły, które pozwalają przewidzieć, jaki kształt przybierze dana cząsteczka. W rozwikłaniu tego zagadnienia pomocne okazują się komputerowe metody do przewidywania struktur 3D RNA.

Dr hab. Marta Szachniuk wspólnie z zespołem prof. Ryszarda Adamiaka z Instytutu Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu opracowała darmowy, publicznie dostępny system RNAComposer. Do systemu wprowadza się sekwencję RNA (lub informację o oddziaływaniach między resztami nukleotydowymi, czyli tzw. strukturę drugorzędową), a on w ciągu kilku/kilkunastu sekund oblicza i prezentuje trójwymiarowy model cząsteczki. Program sprawnie radzi sobie zarówno z krótkimi, jak i bardzo długimi łańcuchami cząsteczek RNA o skomplikowanej architekturze. – Wielu naukowców z całego świata używa programu RNAComposer, żeby uzyskiwać pierwsze wyobrażenie tego, jak wyglądać może w 3D cząsteczka, którą badają. Nasz system od 2012 r. wykonał już 1 mln predykcji” – opowiada dr hab. Marta Szachniuk.

To nie jest jedyny system informatyczny do predykcji struktury 3D RNA. Takich automatycznych systemów jest kilka. Poza tym przewidywaniem struktur RNA zajmują się zespoły badawcze wspomagające się badaniami eksperymentalnymi.

Aby porównać skuteczność różnych metod wyznaczania kształtu RNA w przestrzeni 3D, od 2010 roku organizowany jest konkurs RNA-Puzzles. Chodzi w nim o to, by mając zadaną sekwencję RNA, jak najdokładniej wyznaczyć strukturę cząsteczki. Modele przewidziane przez uczestników konkursu porównywane są następnie z wynikami eksperymentów chemicznych i biologicznych prowadzących do określenia struktury. Konkurs organizowany jest obecnie w dwóch kategoriach: serwerów, które automatycznie generują wyniki, oraz w kategorii predykcji ludzkich, gdzie modele powstają w wyniku integracji obliczeń komputerowych i eksperymentów laboratoryjnych. „Jesteśmy najlepsi w kategorii automatycznych systemów do predykcji 3D RNA” – podkreśla dr Szachniuk.

System RNAComposer powstał dzięki temu, że od dekady zespół z ECBiG skrzętnie gromadził ogromną bazę danych dotyczących RNA. W bazie RNA FRABASE zebrano informacje z ogromnej liczby eksperymentów. Takich, z których można było wyciągnąć wnioski o strukturze przestrzennej molekuł RNA. Baza ta jest ciągle aktualizowana i każdy może z niej bezpłatnie skorzystać. „To popularne narzędzie. Wiemy nawet, że na zagranicznych uczelniach korzystają z niej np. studenci w ramach badań i studiów przygotowujących do zawodu bioinformatyka czy biologa” – opowiada dr Szachniuk. Baza ta pomaga m.in. wyszukiwać czy w różnych cząsteczkach powtarzają się jakieś konkretne przestrzenne wzorce.

Polska na światowej mapie badań nad strukturą RNA jest widoczna także dzięki badaniom innych zespołów. Ważną postacią jest tu m.in. prof. Ryszard Kierzek z Instytutu Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu. Jego prace pozwoliły określić termodynamiczne reguły fałdowania RNA. Nowatorskimi badaniami nad wyznaczaniem struktury RNA zajmuje się również zespół prof. Janusza Bujnickiego z Międzynarodowego Instytutu Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie.

PAP – Nauka w Polsce

1 komentarz do RNA w 3D

Type on the field below and hit Enter/Return to search